La Finca Rio Colorado è bagnata da due fiumi, il Rio Colorado e il Rio Aruco, le cui acque non vengono impiegate perchè necessiterebbero di un processo di depurazione preventivo. Per lavorare i caffè con i metodi lavato e semilavato viene utilizzato un impianto wet-mill della cooperativa, efficiente e non inquinante, che prevede anche un processo di sedimentazione e depurazione delle acque reflue. All’interno della Finca ci sono poi tre fonti naturali di acqua, utili anche per l’uso domestico.